Пожалуй, это отличие может сыграть решаю роль. Т. к. ИП = физ.лицо, предприниматель может как угодно распоряжаться заработанными деньгами и в любой момент взять выручку для личных нужд. В случае с ООО так делать нельзя, ведь это доходы компании и расходовать их можно только на оправданные цели.
Вы как учредитель ООО сможете получить доход в виде дивидендов. Их можно выплачивать не чаще, чем раз в квартал и только при наличии чистой прибыли по данным бухучета. С дивидендов вам придется заплатить 13 % НДФЛ.